يرتبط قسم ضمان الجودة بمكتب السيد رئيس الجامعة وجهاز الاشراف والتقويم العلمي في وزارة التعليم العالي والبحث و يتكون القسم من اربع شعب رئيسية وهي :

1- شعبة ضمان الجودة 

2- شعبة تقييم الاداء الجامعي

3- شعبة التدريب والدعم الفني

4- شعبة اعتمادية المختبرات 

لكل شعبة مهام مناطة بها تتكامل مع باقي شعب القسم لخدمة مجتمع الجامعة