وحدة الحوكمة هي الجهة المسؤولة عن تنظيم وضبط العمل الإداري والتدريبي داخل المركز، من خلال تطبيق مبادئ الحوكمة التي تشمل الشفافية المساءلة، العدالة، الكفاءة، وتوحيد الإجراءات. وتهدف الوحدة إلى ضمان التزام المركز بأنظمته الداخلية وتعليمات الجامعة ووزارة التعليم العالي.