لم يكن للكلية مستشفى بيطري حتى عام 1989 حيث كانت التدريسات التطبيقية تتم في المستشفى البيطري/ التابع لوزارة الزراعة وفي تلك السنة تم افتتاح المستشفى التعليمي البيطري والذي يقع داخل الحرم الجامعي بالقرب من باب الاستشارية ويقوم الكادر التدريسي في الكلية بالأشراف على المستشفى وعلاج الحالات الواردة إليه وتدريس مادة التطبيق البيطري للطلبة ويكون دوام المستشفى يومياً من الساعة 8 صباحاً وحتى نهاية الدوام الرسمي حيث يتم علاج الحيوانات مجانا وبدون مقابل.

وتتألف المستشفى التعليمي البيطري من عدة اقسام وهي:

1. قسم الطب الباطني والوقائي والذي يتكون من العيادة الخارجية ومختبر التشخيصات المرضية وصيدلية المستشفى.
2. قسم الجراحة وعلم تناسل الحيوان والذي يتكون من صالة الجراحة وصالة التوليد البيطري.
3. قسم الامراض وامراض الدواجن والاسماك والذي يتكون من مختبر امراض الدواجن والاسماك بالاضافة الى مختبر التشريح المرضي.

مهام المستشفى البيطري:

1. تعتبر المستشفى التعليمي مركزا مهما لتدريب طلبة المرحلتين الرابعة والخامسة والدراسات العليا في الكلية فضلا عن طلبة المعهد التقني/ قسم الصحة الحيوانية على كيفية استلام الحالات المرضية في كافة أقسام المستشفى (الجراحة، التوليد، الطب الباطني، التشخيصات المرضية، الدواجن، التشريح المرضي) وتقديم كافة ماتحتاجه هذه الحالات من تدخل علاجي وجراحي.
2. تسعى المستشفى وبشكل دؤؤب على توفير التقنيات الحديثة في كافة اقسامها ومن ثم تطبيقها ومعرفة مدى فعاليتها ودورها في الجانب التطبيقي للطب البيطري.
3. يساهم كادر المستشفى باقسامها كافة على تقديم الدعم الاستشاري للمراجعين وخاصة على مستوى التربية الجماعية.
4. ان الية العمل في المستشفى تساهم بطريقة غير مباشرة في بناء روح التعاون والعمل الجماعي بين الطلبة.
5. تساهم المستشفى في تحسين سلالة الماشية في المحافظة من خلال التلقيح الاصطناعي لإناث الماشية بسلالة ذات مواصفات جيدة وعالمية.
6. تعد المستشفى مركزا رقابيا عن الحالات المشتبه بها والتي تؤثر على الصحة العامة من خلال إبلاغ الجهات ذات العلاقة لاتخاذ مايلزم إجراءه.
7. إن جميع هذه المهام التي تقدمها المستشفى التعليمي البيطري مجانا وبالتالي فان ذلك يسهم في دعم شريحة واسعة من أبناء المحافظة والتي بدورها تصب في خدمة المجتمع.